KSeF czyli Krajowy System efaktur to obowiązek, narzucony przez Ministerstwo Finansów,. Zgodnie z rozporządzeniem wystawione faktury, faktury zaliczkowe, rachunki oraz wszystkie faktury korygujące wysyłać trzeba bezpośrednio do strony urzędowej ksef.mf.gov.pl
Każdy podmiot wystawiający dokumenty księgowe na terenie Polski musi posiadać indywidualne konto w KSef, na które trafiają dokumenty sprzedażowe oraz kosztowe.
Czy afaktury.pl są zintegrowane z KSeF
Program afaktury.pl jest przygotowany na nowe zasady. Poprzez serwis można jak dotychczas wystawiać faktury i bezpośrednio z programu wysyłać je do KSeF.
Potrzebna jest jednak integracja z własnym kontem KSeF
Jak założyć konto KSeF
Wchodzimy na stronę główną Krajowego Systemu efaktur ksef.mf.gov.pl i poprzez profil zaufany zakładamy konto. 
Jak zintegrować KSeF z afaktury.pl
Po udanym założeniu konta i zalogowaniu się na Ksef z menu bocznego wybieramy Tokeny a następnie generuj token 
Wygenerowany token należy skopiować ( dostępny będzie wciąż w liście tokenów ).
Następnie przechodzimy do programu afaktury.pl i wchodzimy w Ustawienia -> dane firmy lub KSef/JPK
Pod danymi na fakturze znajduje się miejsce konfiguracji KSeF. W tym miejscu należy wkleić wygenerowany token. 
Dodatkowo można również na stałe skonfigurować generowanie JPK ale nie jest to obowiązkowe i nie związane z wysyłką faktur do KSeF.
Program do faktur afaktury.pl posiada możliwość indywidualnych ustawień oraz kontroli nad dokumentami. Dlatego też można ustawić parametry związane z KSef tak, aby zachować pełną kontrolę nad wysyłanymi dokumentami.
Zatem można zaznaczyć, aby dokument wysyłał się automatycznie.
Wówczas, jeżeli dokument został poprawnie wystawiony wyślę się on po 10 minutach po zapisie faktury do listy dokumentów.
Nie zaznaczenie tej opcji daje kontrolę nad czasem wysyłki ale też trzeba pamiętać by dany dokument wysłać zgodnie z ustawą.
Jak wystawić fakturę KSeF w afaktury.pl
Wystawianie dokumentu w zasadzie się nie zmienia. Obowiązkowe dane na dokumencie nie ulegają zmianie. Nadal do poprawnego wystawienia są potrzebne dane sprzedawcy oraz nabywcy, daty, numer dokumentu jak również przedmiot sprzedaży w ustalonej cenie wraz ze stawką vat.
Każdą fakturę zapisuje się do listy dokumentów.
Jeżeli nie mamy ustawionej automatycznej wysyłki KSeF oraz jak jeszcze nie wysłaliśmy ręcznie to dokument można poprawić i zapisać ponownie.
Dokumentu wysłanego do KSeF nie można edytować - w przypadku błędu należy wystawić fakturę korygującą.
Wystawiony dokument można od razu wysłać do KSeF przyciskiem Zapisz i wyślij do KSeF
Jeżeli dokument zapiszemy tylko do listy dokumentów to wysyłka do KSeF odbywa się już z listy.
Po wysłaniu dokumentu do KSeF automatycznie pojawia się czas wysyłki, status oraz numer KSeF
